1992 wurde Klinkmann von seiner Tätigkeit als Professor und Direktor an der Universität Rostock entbunden auf Basis der Empfehlung einer Ehrenkommision der Universität wegen Staatsnähe. Über 200 Protestbriefe aus aller Welt, darunter Briefe der Präsidenten aller internationaler Gesellschaften seines Faches finden sich in seinen Personalunterlagen, wurden aber damals negiert.
Klinkmanns Karriere tat dies keinen Abbruch, sondern beförderte ihn umso kräftiger in die nun internationale Forschungsgemeinschaft. Die Regierung der Landes Mecklenburg-Vorpommern entschuldigte sich bei ihm und verlieh ihm als einer der ersten 2002 die höchste Auszeichnung den Verdienstorden des Landes.
Der Bundeskanzler der Bundesregierung Deutschland berief ihn 2004 in seinen Beratungskreis Ost.